스파이 키드로 활약중인 카르멘과 주니, 이들의 아버지 그레고리오가 OSS 새국장이 될 기쁨에 온가족이 잔뜩 부풀어 있으나 엉뚱하게도 그드르이 라이벌 개리와 개티 기글스의 아버지인 도나곤 기글스가 새국장이 되고 만다. 임명식이 있던 날 수상쩍은 웨이터들의 샴페인의 반격으로 가공할 만한 위력을 지닌 무기인 트랜스무커를 빼앗기고 만다. 이에 격분한 미국 대통령은 갓 임명된 OSS의 새국장 도나곤에게 트랜스무커를 회수하라는 중책을 맡긴다. 외딴섬에 본거지를 두고 악당들의 우두머리는 알고 보니 도나곤, 그는 트랜스무커를 손에 넣어 전 세계를 지배해보겠단 야심에 차있는 사람이다. 그런데 이 섬은 보이지 않게 위장하기 위해 시각 차단 장치인 트랜스무커를 작동시켜 놔서 그 부근만 가면 모든 게 증발되어 버리는 결과를 빚는다. 물론 그 위력 때문에 모든 전기 장비는 나가버린다. 이에 카르멘과 주니가 접근하고 도나곤의 아이들인 게리와 게르티도 뒤따라온다. 그 섬을 만든 사람은 유전학자인 로메로, 그는 유전학을 잘못 활용해 그 섬에 희귀한 생물체들을 퍼뜨려 놓는다. 그리고 카르멘과 주니를 돕는데 이로써 두 스파이키드는 트랜스무커가 악당 손에 넘어가는 걸 막는다. 물론 여기에 엄마, 아빠 스파이뿐 아니라 외할아버지와 외할머니까지 합류, 가족애를 보여준다.

* 감독 음성해설(한글자막)
* 특수효과해설(한글자막)
* 어린이 스턴트에 관해(한글자막)
* 삭제장면(한글자막)
* 뮤직비디오
* 빅 밴드 내셔널 공원에서(한글자막)
* 영화 속 특수장비해설(한글자막)
* 영화 뒷이야기(한글자막)
* 제작과정(한글자막)
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* 스틸자료 모음
* 티저 광고
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